Institutionens leder refererer til bestyrelsen og deltager i bestyrelsens møder som bestyrelsens sekretær. Lederen varetager den daglige personaleledelse og drift i henhold til de gældende regler og retningslinjer, som er besluttet af bestyrelsen. Institutionslederen skal sikre pædagogisk ledelse på hver af institutionens skoler, således at der er den fornødne kvalitet i institutionens undervisningstilbud.
De første år
Institutionslederen bærer i de første år en stor opgave med at udvikle institutionens organisation og uddannelsens kvalitet. I forlængelse heraf forestår ministeriet en understøttelse af institutionernes ledere og medarbejdere gennem blandt andet et omfattende kompetenceudviklingsprogram og et korps af læringskonsulenter (uvm.dk).